Dans la plupart des jeux de rôle, les combats sont un peu compliqués à gérer. En effet, il faut garder en mémoire l'ordre dans lequel les différents personnages agissent pour être capable de dire à tout moment qui doit agir. Il faut également compter les points de vie des intervenants, les éventuelles blessures, etc. Pour aider le MJ dans cette tâche parfois difficile, GM-Assistant propose un outil conçu à cet effet : le gestionnaire de combat.
Tout comme pour le simulateur de dés, le gestionnaire de combat s'ouvre en sélectionnant l'option correspondante dans le menu Outils. Son utilisation se divise en deux étapes : la sélection des participants au combat dans un premier temps, puis le combat proprement dit.